Địa chỉ :117/3/2 An Bình, Phường 6 / Quận 5 – Thành phố Hồ Chí Minh
Chùa Thiên tôn trước đây hiệu là Giác Hoàng, do Hòa thượng Thích Minh Đức (1903-1971) đệ tử của Tổ Huệ Đăng khai sơn vào năm 1947 tại bến đò Cây Keo, Bến Hàm Tử, nay là đại lộ Võ Văn Kiệt, P5, Q5. Năm 1952, chùa Giác Hoàng dời về số 117/3/2 đường An Bình P6, Q5, TP HCM. Năm 1954, nhân dịp Lễ Lạc thành và An vị Phật, chùa đổi tên là Thiên Tôn.
Trong hai thời kỳ kháng chiến đấu tranh giành độc lập dân tộc, chùa Thiên Tôn là cơ sở an toàn của Đặc Khu ủy Sài Sòn – Gia Định. Chùa có phòng thuốc nam từ thiện để chữa bệnh cho dân và che mắt địch. Chùa xây hầm bí mật và tổ chức bảo vệ, nuôi giấu cán bộ cách mạng về ăn ở, hội họp và làm việc như: ông Nguyễn văn Linh (cố Tổng bí thư Đảng Cộng sản Việt Nam), ông Huỳnh Tấn Phát, ông Võ văn Tuấn, ông Nguyễn Ngọc Thanh, hòa thượng Thích Minh Nguyệt (cố Phó Pháp chủ Hội đồng Chứng minh Giáo hội Phật giáo Việt Nam), hòa thượng Thích Thiện Hào … Chùa cũng là cơ sở của Ban Trí vận Khu ủy, tiếp đón ông Nguyễn Hữu Thọ và các nhà trí thức yêu nước.
Năm 1960, cơ sở bị địch lục soát, theo dõi gắt gao, Đặc khu ủy Sài gòn – Gia Định và Ban Trí vận Khu ủy được dời đi nơi khác. Tuy vậy, chùa Thiên Tôn vẫn là cơ sở hoạt động cách mạng. Hòa thượng Thích Minh Đức – trụ trì chùa – tham gia Ban Trị sự Trung ương Giáo hội Phật giáo lãnh đạo các phong trào đấu tranh chống Mỹ – Diệm, tiếp tục vận động tài chính, thuốc men, vật dụng chuyển vào chiến khu ủng hộ cuộc kháng chiến. Chùa còn là cơ sở nòng cốt, tích cực ủng hộ tài chính cho Liên Quận 5 (Quận 7 + Quận 8). Thượng tọa Thích Nhựt Quang tiếp tục quản lý phòng thuốc nam từ thiện để chữa bệnh cho dân nghèo, đồng thời làm bình phong che mắt địch, tạo điều kiện thuận lợi giúp cán bộ cách mạng lui tới hoạt động.
Năm 1969 , Giáo hội Phật giáo Cổ truyền Việt Nam được thành lập, Đại hội suy cử Hòa thượng Thích Minh Đức làm viện trưởng Viện Hoằng đạo của Giáo hội; chùa Thiên Tôn được chọn làm trụ sở của Trung ương Giáo Hội.
Sau khi đất nước thống nhất, chùa Thiên Tôn vẫn tiếp tục tích cực tham gia các công tác Phật sự của Giáo hội Phật giáo Việt Nam, các phong trào ích nước lợi dân của Đảng và Nhà nước.
Các đời trụ trì chùa Thiên Tôn:
1. Hòa Thượng Thích Minh Đức (1954-1971)
2. Thượng tọa Thích Nhựt Bửu (1973-1978)
3. Thượng tọa Thích Nhựt Quang (1978-1985)
4. Thượng tọa Thích Chơn Định, tự Lệ Tập (1996-1997)
5. Thượng tọa Thích Chơn Không, tự Lệ Hoa (2006…)
Chùa Thiên Tôn đã được công nhận Di tích lịch sử cấp Thành phố năm 2011 theo Quyết định số 696/QĐ- UBND ngày 17/2/2011 của Uỷ ban nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh. Bằng xếp hạng di tích cấp Thành phố của Uỷ ban nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh ngày 3/3/2011. Cố Hòa thượng Thích Minh Đức đã được truy tặng Huân chương Kháng chiến chống Pháp hạng Ba và Huân chương Kháng chiến chống Mỹ hạng Nhì. Cố Thượng tọa Thích Nhựt Quang đã được truy tặng Huân chương Kháng chiến chống Pháp hạng Ba và Huân chương Kháng chiến chống Mỹ hạng Ba.
Thượng toạ Thích Chơn Không – Phó ban Hướng dẫn Phật tử TP. HCM, Trụ trì chùa Thiên Tôn từ năm 2006 đến nay
